匿名化の是非については議論を深めるべきだと思いますが、少なくとも管理元の指定事業者にたどり着くことが出来る "whois プロテクト" であれば OK かなと思います。

そもそも商用利用のドメイン名であれば、その Web サイトの中で連絡先なり問い合わせフォームなり、コンタクトを取る方法を明記しているべき。

管理元の指定事業者であれば whois 情報とは別に、そのサービスの登録情報等を持っているはずで、最悪の場合は指定事業者経由でコンタクトを取ることは出来るので、属性 JP とか特殊なやつ出なければ "whois プロテクト" は OK かな。